分析如 DNA 序列这样的生命科学数据是计算机的一个有趣应用。从生物学的角度上说,DNA 是一种由腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤和胸腺嘧啶这四种核苷酸组成的链式结构。这四种核苷酸分别用大写字母 A、C、G、T 表示。这样,一条 DNA 单链可以被表示为一个只含以上四种字符的字符串。我们将这样的字符串称作一个 DNA 序列。
有时生物学家可能无法确定一条 DNA 单链中的某些核苷酸。在这种情况下,字符 N 将被用来表示一个不确定的核苷酸。换句话说,N 可以用来表示 A、C、G、T 中的任何一个字符。我们称包含一个或者多个 N 的 DNA 序列为未完成序列;反之,就称作完成序列。如果一个完成序列可以通过将一个未完成序列中的个 N 任意替换成 A、C、G、T 得到的话,就称完成序列适合这个未完成序列。举例来说,ACCCT 适合 ACNNT,但是 AGGAT 不适合。